在施用过程中，必须注意以下七个要点：

　　1、根据田间实际状况。对含硫高的土壤和锈水田，不宜施用生物菌肥，因为硫能杀死生物菌。

　　2、根据土壤墒情。施用菌肥的最佳温度是25℃～27℃，低于5℃、高于45℃，施用效果较差。同时还应知道，固氮菌适宜的土壤湿度为60%左右，即见干见湿的土壤湿度最为适宜。

　　3、不能和其他农药混用。为防止活菌致死，千万不要与杀菌剂、杀虫剂、除草剂和含硫化肥，如硫酸钾等以及稻草灰混合用，因为这些药、肥很容易杀死生物菌。在施用时，若施菌肥与防病虫、除草相矛盾时，可先施菌肥，隔48小时后，再打药除草。若拌种，切忌和已拌好杀菌剂的种子混合使用。同时还应防止与未腐熟的农家肥混用，因为农家肥在腐熟的过程中会发酵，这样会直接杀死生物菌。

　　4、与化肥混用要注意化肥用量不能过大。高浓度的化学物质对菌肥里的微生物有毒害作用，尤其注意不能与碳酸氢铵等碱性肥料和硝酸钠等生理碱性肥料混用。

　　5、因量制宜。对于多年来用化肥的田块施用了生物菌肥，不能大量减施化肥和有机肥，因农作物对化肥产生了依赖性，用生物菌肥取代氮肥不能一下子适应，因此，其取代理应做到第一、二、三年分别取代30%、40%和60%。磷、钾肥只能补足，不能减少。

　　6、因时制宜。生物菌肥不是速效肥，所以，要在作物的营养临界期和大量吸收期前7～10天施用效果最佳。

　　7、不同种类的菌肥也不宜混用。目前，市场上的菌肥种类很多，其所含的活性菌不同，它们之间是否有相互抵制作用还不是很清楚，若相互抵制，则会降低肥效。

　　最近几年，农户逐渐重视菌肥的施用，但很多农户反映施用菌肥后，效果不明显。这是怎么回事?

　　一、土壤菌肥不匹配

　　土壤有酸碱之分，有机菌肥也有pH值，菌又有真菌、细菌之分。中性和微酸性土壤宜施细菌性有机菌肥。碱性土壤宜施丝状微生物的藻类有机菌肥，施用后能固定空气中的氮，帮助果树利用其他状态存在的氮素养分。其实土壤中微生物也很多，数量也很大，大部分微生物对作物的生长发育、土壤的团粒结构、物质循环都有很大影响。还能分解有机质和矿物质，释放出营养元素供作物吸收利用。酸性土壤施了碱性有机菌肥，酸碱中和降低了肥效，也使菌种受到伤害。有些菌是需氧性很强的菌种，如放线菌、霉菌类等施在板结透气性差的土壤中，别说发酵繁殖，菌种本身都难以成活。

　　二、土壤理化性状恶化

　　菌肥中的菌赖以生存的条件是有机质。而80%以上的果园都在施用无机化肥，土壤板结透气性差，使得一些厌气菌大量繁殖，如镰刀菌、齐整小核菌等。更严重的是有机肥极度缺乏，破坏了土壤的团粒结构，降低了土壤的保肥保水能力。果农施商品有机菌肥一般每亩都在40公斤左右，有机质很快被分解利用，有机肥中的菌种失去赖以生存的条件不能繁衍生存，大部分死亡。这就是果农在施用商品有机菌肥中发现的地厚施有机菌肥有作用，而地薄无作用的道理。

　　三、土壤不利于微生物存活

　　果园多年不施有机肥和浅施无机肥，造成土壤板结，存氧量差，根系生长缓慢，土壤pH值发生变化。除草剂在土壤中的残留直接破坏了土壤的团粒结构，使土壤中的微生物死亡。果园施用有机菌肥后，土壤中没有足够的微生物使菌肥发酵繁衍而形成有效的菌群，阻碍了肥效的发挥。

　　果园要正确选择除草剂，既要能除草，又在土壤中残留时间短，对土壤中微生物和土壤团粒结构没有太大的破坏。重视有机肥的施用，改良土壤得3～5年。

　　四、对菌种不了解

　　这种新型肥料对农民来说是个盲区。果农要不断学习，要认清微生物菌肥不是包治百病的万能肥料。每种有机菌肥有它的属性和作用，如球状芽孢杆菌是细菌杀虫菌、EM菌抗重荏菌，乳状芽孢杆菌是长效细菌杀虫菌，枯草芽孢杆菌是真菌，能有效防治根系周围的真菌，使作物免受侵害，地衣芽孢杆菌是细菌性防病菌。

　　五、施用温度和方法不对

　　首先地温要在5～35℃内施用，低于5℃菌种不能发酵繁殖，高于35℃菌种会被烧死。有机菌肥最好单独施用，不要和大化肥(氮、磷、钾)混合施用。果农为图方便常和大化肥一起施用，在两棵树中间挖20厘米深、宽25厘米的沟，先把菌肥撒入沟内，再撒大化肥最后填土，这和混施没有区别，大化肥杀死了菌种。正确的施肥方法应采取放射性沟施，挖30厘米宽、25～35厘米深的沟，先施入大化肥，填一层10厘米左右的土，再施菌肥。这层隔离带减少了大化肥水溶下渗后杀死菌种的机会。

　　六、土壤中有机物不足

　　施用有机菌肥的关键要不断培养土壤中的微生物。土壤中有足够的有机物或腐殖质时才能被微生物菌利用，进而使土壤微生物快速繁衍，激活营养元素。

　　实行果园生草制。草长到15厘米不到20厘米时割刈，一年反复进行覆盖地面，两年全园普翻一次以利提高果园腐殖质的含量。3～5年施一次发酵好的牛、猪、羊、鸡兔等家畜禽粪。为有机菌肥中菌种的发酵繁殖提供充足的基质。为果树在生长中提供中、微量元素，减少小叶、黄叶等生理病害的发生。

　　微生物菌在土壤中得作用主要是产生各种酶，分解各种养分，产生各种酸和二氧化碳，给作物提供更多养分。而微生物菌要成活和繁殖，土壤中要有足够的有机质才行。

　　所以要提高土壤肥力，最主要是补充土壤中有机质，其次补充生物酶，以保障菌的存活；菌生酶，酶促菌，用工业生产的方式代替微生物菌生产酶，来促进作物对养分吸收消化。含酶有机肥能真正降低土壤盐渍化，为微生物菌生存繁殖创造条件，进而形成土壤良性循环