分析师许树仙表示，首先最为明显的是价格偏高。水溶肥采用的原料多是高品级的工业级原料，所添加的助剂、微量元素、有机营养等成本都是高成本的原料，故原材料成本高于普通的大肥。业内人士表示，20-20-20+TE的大量元素水溶肥原料成本价在5000元~6000元/吨，但市面售价多在8000元~13000元/吨，大大超出了农户肥料投入的限度。

　　其次，产品质量无保障。由于水溶肥生产工艺简单，经过染色后很难分辨其生产原料，因此不少厂家以硫酸镁、硫酸锌等低价肥料添加剂经过染色后冒充水溶性肥料，或者以硫酸镁、硫酸锌等低价肥料替代部分生产原料以牟取高额利润。目前市场上产品良莠不齐、鱼目混珠，打着进口旗号，实际是国产的，无证打擦边球的，含量不足的比比皆是。

　　再次，市场缺乏主导品牌。截至2014年12月，农业部肥料登记证共计6422个(含正在办理的过期登记证196个)，比2013年增长20%以上。其中，大量元素水溶肥料1289个，中量元素水溶肥料176个，微量元素水溶肥料1634个，含氨基酸水溶肥料1575个，含腐植酸水溶肥料1461个，有机水溶肥料88个。虽然近两年注册生产水溶肥的企业很多，但在市面有影响的寥寥无几，高档产品仍然依赖进口。

　　许树仙称，预计未来随着水溶肥标准规范化、质量严格化、价格平民化，水溶肥的市场认知程度将进一步提高。另外，随着现代农业向设施化、工厂化、规模化发展，以及施肥技术水平的不断提高，预计后期水溶肥将有可能成为我国未来最具发展潜力的肥料类型之一。